Испания, 1944 год. В лесах северной Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистских сил. Десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь, где командует её отчим — капитан Видаль. Жестокий офицер армии Франко, он полон решимости уничтожить повстанцев, не считаясь с потерями. Офелия, увлечённая сказками, находит поблизости древний заброшенный лабиринт.
Внутри лабиринта фея приводит её к Фавну, хранителю подземного мира. Существо открывает Офелии тайну: она — пропавшая принцесса волшебного королевства, которую ищут столетиями. Фавн предлагает ей шанс вернуться домой, но для этого она должна выполнить три испытания до полнолуния, храня всё в строжайшей тайне.